Sous la basilique en ruines de San Giovanni Evangelista — suggestive à ciel ouvert — s'étend le plus vaste complexe catacombal de Sicile (IV-Ve siècle après J.-C.), juste après Rome. Contrairement à celles de Rome, creusées dans la douce tuf, ici les galeries réutilisent un aqueduc grec : le decumanus principal est large et haut, avec des rotondes circulaires qui étaient des citernes. Des milliers de loculi, des arcosoli peints, le sacellum où a été trouvé le sarcophage d'Adelfia (aujourd'hui au Paolo Orsi). Sous la basilique, la crypte de San Marciano, premier évêque de Syracuse, martyrisé en 254 : ici selon la tradition prêcha Saint Paul en route pour Rome. Visite uniquement guidée, avec des départs réguliers ; apportez un pull, il fait frais même en été.
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